1．眼部病变 据统计强直性脊柱炎有4%-33%发生结膜炎或虹膜炎，部分病例虹膜炎先于强直性脊柱炎发病，也有病例在首发症状后20年才出现。表现为急性发作，常单侧发病，也可双侧受累，出现疼痛、流泪、畏光等。每次发作约4-8周，一般无后遗症，但常复发。病情越长，发生率愈高。一般需局部或全身糖皮质激素治疗。与脊柱炎的严重程度无关，有四肢关节病变者较常见。
2．心脏病变 强直性脊柱炎也可影响心血管系统，包括上行性主动脉瓣膜下纤维化，主动脉瓣关闭不全、二尖瓣脱垂及二尖瓣关闭不全、心脏扩大、房室传导阻滞或束支传导阻滞、扩张型心肌病和心包炎等，心脏听诊可有杂音。心血管受累与HLA-B27密切相关，男性远多于女性。心脏病变的发生率随病程及年龄而增加。
3．肺部病变 强直性脊柱炎累及肺的主要表现为肺上叶纤维化，肺大疱，有的表现为斑片状或索条状阴影，甚至有空洞形成。
4．肾脏病变 强直性脊柱炎患者可有肾淀粉样病变，占10%病人，但绝大数病例没有临床症状。
5．神经系统病变 强直性脊柱炎如影响到神经系统，则可表现为马尾综合征，即脊髓的尾部受累表现的症状：感觉异常，大、小便排泄障碍，小腿和臀部疼痛，无力等，可能为马尾囊肿和背部蛛网膜憩室膨大所致。诊断依靠磁共振、肌电图和计算机扫描检查。病变通常呈进行性，药物疗效差，手术治疗可能有效。马尾综合征是罕见的并发症。
